Hneď po ukončení štúdií bol Gahura zamestnaný na stavebnom oddelení firmy Baťa, kde pracoval do roku 1946. Do histórie vstúpil najprv ako sochár. K jeho raným dielam patrí socha J. A. Komenského a v roku 1920 sochy F. Bartoše a B. Němcovej. Až s určitým oneskorením sa začal uplatňovať ako architekt a urbanista. Na jeho schopnosti upozornil Tomáša Baťu, práve jeho profesor J. Kotěra, keď projektoval záhradnú obytnú štvrť pre zamestnancov továrni. V Gahurovej tvorbe sa spájal cit umelca s racionalizmom architekta-inžiniera, pripraveného plniť výtvarné idey v architektonickej praxi, ale aj teoreticky domýšľať a to vo všeobecnejšej rovine a riešiť aktuálne estetické problémy.
Keď v roku 1923 profesor Kotěra zomrel, zadal Baťa Gahurovi projekt dokončiť. Tak vznikol prvý čiastočný zastavovací plán zlínskej obytnej štvrti Letná a Tomáš Baťa v ňom našiel ideálneho partnera pre svoje zámery. Gahura postupne nakreslil zastavovacie plány ďalších zlínskych záhradných štvrtí. Vrcholom jeho urbanistickej tvorby bol Regulačný plán Veľkého Zlína z roku 1934, ktorý si udržal kontinuitu až do dnešných dní. Zaoberal sa celým Zlínskym regiónom. Bol autorom taktiež celej rady účelových stavieb.
V technickom rozvoji stavebníctva hľadal nový estetický výraz architektúry. Zaviedol zlínsky monolitický železobetónovýskelet 6,15 x 6,15 so stĺpikmi kruhového prierezu a s výplňou z režných tehál, ktorý sa stal typizovanou konštrukčnou formou Zlína. V tridsiatich rokoch bol vymenovaný mestským architektom mesta Zlín, kde uskutočnil radu urbanistických projektov ako napr. projekt mestského centra (1937 – 1941). Jeho teoretická práca bola zavŕšená knihou Estetika architektúry (1943). Príkladom Gahurovho architektonického poňatia je budova dnešného Domu umenia (1932). V roku 1946 (po nútenom odchode zo Zlína) odišiel do Brna, kde pracoval ako zemský projektant a na sklonku života pracoval vo Výzkumnom ústave architektúry ako vedecký pracovník. V priebehu života získal veľa domácich a medzinárodných ocenení. F. L. Gahura spolu s V. Karfíkom boli zakladatelia zlínskej urbanistickej a architektonickej tradície.