Systém súťaže sa oproti minulej sezóne zmenil. Pôvodne sa mala odohrať základná časť, nadstavbová časť s 3 skupinami a play-off. Behom skrátenej súťaže sa kvôli udalostiam v novembri 1989 a tiež kvôli organizovaniu MS 1990 vo februári a marci roka 1990 systém súťaže niekoľkokrát menil, až sa v januári 1990 počas zasadnutia zástupcov prvoligových klubov a vedenia Československého zväzu hádzanej dohodlo na tom, že sa odohrá iba základná časť. Základná časť pozostávala z 22 kôl. Každý s každým sa stretol 2-krát doma a vonku. Dve posledné družstvá zostúpili do svojich nižších národných súťaží (SNL, resp. ČNL).